1569 онд Эзэн хаан II Максимилиан жижиг цайзыг Каттербург хэмээх агнуурын байр болгон өөрчилсөн байна. Түүний хүү эзэн хаан Маттиас энд ан хийж байхдаа нэгэн үзэсгэлэнтэй булаг олсон бөгөөд тэрхүү булгийг хараад “Ямар сайхан булаг вэ?” (So ein schöner Brunnen) хэмээснээс “Шёнбрунн” гэж нэрлэх болжээ. Туркийн түрэмгийллийн үед агнуурын байр сүйтгэгдсэн бөгөөд 1696 онд I Леопольд хааны захиалгаар энэхүү барилгын ажлыг эхлүүлсэн. Гэвч 1700 онд Испанийн хаан II Чарлез (угсаа залгамжлах хүүхэдгүй) нас барснаас түүний Хабсбургийн төрөл төрөгсөд болон Европын бусад гүрнүүд хаан ширээний төлөө тэмцэлдсэн. Испанийн хаан ширээний төлөөх энэхүү тэмцэл нь эзэн хаан Леопольдыг санхүүгийн хувьд хүнд байдалд оруулж, Шёнбрунны барилгын ажлыг түр зогсооход хүргэжээ. 1740 оноос эхлэн Мария Терезагийн үед 1742-1770 оны сүүл хүртэл барилгын ажлыг үргэлжлүүлэн барьж ордон одоогийн хэлбэртээ шилжсэн байна. Энэ үеэс эхлэн агнуурын байр гэхээс илүүтэйгээр зуны ордон болгон Хабсбургийн хааны удмынхан суух болсон байна. XVIII зуунд баригдсанаас хойш Шёнбрунн ордны гадна тал нь өөрчлөгдөөгүй бөгөөд ганц удаа буюу 1820 онд ордныг шар өнгийн фасадаар будсан байна. Харин ордны дотор талын хувьд нилээдгүй өөрчлөлтүүдийг хийсэн. 1918 онд хаант засаглал дуусахад Шёнбрунн ордон төрийн мэдэлд шилжсэн байна. 1996 онд ЮНЕСКО-гийн Дэлхийн өвд албан ёсоор бүртгэн авчээ. 

Энэхүү ордонг Софи Фридерико Доротие хүү Франц Иосеф түүний эхнэр Элизабет Амали Оегени буюу хатан хаан Сисси нарт хуримын бэлэг болгон өгсөн. Дараа нь ордонг өргөтгөн хоёр жигүүр нэмж бариулсанаар хэлбэр нь E буюу Elizabeth нэрний эхний үсэг болсон байна. Одоо энэ харшид “Хатан хаан Сиссигийн музей” байрладаг ба түүний өмсөж зүүж, эдэлж хэрэглэж байсан зүйлсийг олон нийтэд үзүүлдэг. Тэрээр Австри, Унгар, Бавари, Хроват, Богемийн Хатан хаан бөгөөд түүхэнд эдгээр улсын энх тайван, найрамдал, хөгжил цэцэглэлтэд оруулсан үнэтэй хувь нэмрээрээ бичигдсэн хүн юм.